Nazwa Czarnożyły dawniej Czarneżołny została zaczerpnięta ze środowiska naturalnego . W języku staropolskim wyraz „żołna” oznacza dzięcioła . Osadę zatem założono w miejscu , gdzie dużo było tych ptaków .
W 1722 roku w Czarnożyłach urodził się Adam Brzostowski , twórca nowoczesnego rolnictwa , który wprowadził obowiązek nauczania dzieci chłopskich . Swoje idee organizacji zarządzania majątkiem ziemskim ujął w specjalnie opracowanym wydaniu „Instruktaż dla dóbr Czarnożyły ” . „ Instruktaż” wprowadzał w życie nowe zasady w zakresie : uprawy roli i wapnowania pól , przygotowania ziarna do siewu , odpowiednich warunków hodowli bydła i drobiu . A.Brzostowski lubił zajmować się ogrodnictwem . Przy pałacu czarnożylskim znajdowały się inspekta oraz duże „ oranżerie z piecem ceglanym ” . Brzostowski założył dwie cegielnie , tartak i piece do wypalania wapna .
Po Brzostowskich , Czarnożyły odziedziczyli potomkowie Heleny z Brzostowskich
hr. Mikołajowej Załuskiej z Iwonicza i w rękach tej rodziny dobra te pozostawały do 1939 r. W tym okresie wybudowano w majątku gorzelnię – 1886 r. , młyn – 1901 r. , tartak – 1908 r.
We wrześniu 1939 roku rozpoczęła się 5 letnia okupacja niemiecka . Część wsi została spalona . W czasie kampanii wrześniowej w wyniku ataku lotnictwa w pobliskim lesie zginęło 6 żołnierzy 15 pp „Wilków” wchodzący w skład 28 dywizji piechoty armii Łódź . Nastąpiły aresztowania i wywóz na roboty do Niemiec oraz do obozu zagłady . Na miejscowym cmentarzu znajduje się zbiorowa mogiła żołnierzy . Nad nią wznosi się pomnik ufundowany z inicjatywy ZBOW i D-u przez społeczeństwo gminy w 1959 roku dla uczczenia pamięci mieszkańców gminy ofiar II wojny światowej .
Po wyzwoleniu w 1945 roku następuje powolna odbudowa zniszczeń . Na bazie majątku ziemskiego tworzy się Państwowe Gospodarstwo Rolne , wznawiają działalność : Gminna Spółdzielnia , Bank Spółdzielczy i Kółko Rolnicze . Następuje wzrost budownictwa indywidualnego oraz obiektów użyteczności publicznej